A verdadeira causa da doença inflamatória intestinal é desconhecida, mas há alguns indícios. Sabe-se que existem alguns fatores genéticos, porque raças diferentes têm incidências diferentes e agrupamentos das doenças ocorrem em determinadas famílias. Outras possíveis causas incluem infecção viral ou bacteriana e fatores relacionados ao sistema imune. Deste modo, existe uma infinidade de terapias e medicamentos para o tratamento destas enfermidades, onde o paciente oscila entre os períodos de remissão e recaída.
Para um tratamento efetivo, é de fundamental importância uma boa relação médico-paciente, que o paciente passe a entender a sua doença e que confie na terapia que seu médico está instituindo.